Rstudio-server的安装与使用

Programming-NotesR

为什么要安装Rstudio-server：

  1. 老式笔记本在R处理一些较大数据时越来越力不从心了，有时因为运行一些R脚本，会导致笔记本的卡死
  2. 最近在学习甲基化芯片分析，在ubuntu的R中使用ChAMP包分析数据时遇无法打开GUI的问题，这时就需要有一个可视化界面
  3. 在处理一些复杂数据时，服务器上的R能有效加快运算速度；但我已经习惯了在IDE环境（windows Rstudio）上的书写代码，无法忍受服务器上那简单的R操作界面
  4. 之前用shiny时也装过Rstuio-server，在Amazon Web Services (AWS)安装的，这次也想在自己服务器上装一个试试，方便以后装shiny
  5. 待写

在安装Rstudio-server前需要先在服务器上安装R，我的服务器版本为ubuntu 14.04，R版本为3.43；如果ubuntu中R版本过旧，可以参考之前的一篇博客：在Ubuntu升级R版本

然后按照官网https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/要求安装Rstudio-server（选择自己系统的Prerequisites）

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.1.383-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.1.383-amd64.deb

如果是自己服务器上的ubuntu系统的话，其实通过上述步骤就算安装好了，查看下Rstudio-server是否在运行（理论上安装完后就启动的）

ps -aux|grep rstudio-server
#rstudio+  1777  0.1  0.0 195676  8476 ?        Ssl  20:47   0:00 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver

然后查看下服务器的ip地址

ifconfig

最后通过笔记本浏览器登录服务器上的Rstudio-server，输入你对应的IP地址和端口，然后输入服务器的主机的用户名和密码即可登录

http://IP:8787/

登录后的界面几乎和windows下的Rstudio一样了，操作非常便利；getwd()下可以发现其当前目录是用户的家目录下的，如：

> getwd()
[1] "/home/anlan"

Rstudio-server

当然我们也可以像正常windows的Rstuido下设置一些常用的配置，比如修改Tools->Global Options下的一些配置，如：修改默认的当前目录、代码的字体形式以及CRAN的镜像等

接下来就尝试下Rstudio-server的速度，以及一些在服务器R无法用的GUI，就以ChAMP包的测试数据为例

library("ChAMP")
testDir=system.file("extdata",package="ChAMPdata")
myLoad <- champ.load(testDir,arraytype="450K")
CpG.GUI(CpG = rownames(myLoad$beta))

相比之前windows的运算的速度快不了少，在查看一些大矩阵时也不卡了，GUI界面也正常了。如果以后测试几十样本的甲基化数据时，也不怕渣渣笔记本卡死了

最后就是一些RStudio-server配置命令（如果有需求的话）

sudo rstudio-server verify-installation #查看安装是否正常
sudo rstudio-server start               #启动RStudio-server
sudo rstudio-server status                #查看RStudio-server
sudo rstudio-server stop                #关闭RStudio-server
sudo rstudio-server restart                #重启RStudio-server

##添加用户组
sudo groupadd rstudio-group
##添加用户
sudo useadd anlan -g rstudio-group
##设置用户密码
sudo passwd xxxxxx
##创建用户目录
sudo mkdir /home/anlan
##赋予目录权限
sudo chown -R anlan:rstudio-group /home/anlan

其他比如选择使用服务器中指定的R、修改端口、镜像路径等操作，可以查看官网文档：Configuring the Server和Managing the Server

如果想多人协作操作Rstuido-server，具体操作可参考多人在线协作R开发RStudio Server

另外Rstudio-server默认是没有安装中文字体的，所以刚开始使用时会发现中文不识别，参考这篇博文Ubuntu Server安装R和Rstudio

sudo apt-get install language-pack-zh-hans
sudo apt-get install xfonts-wqy
#重启

本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处

本文标题:Rstudio-server的安装与使用

文章作者:Kai

发布时间:2018-01-11, 22:23:37

最后更新:2019-11-10, 00:22:16

原始链接:http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/435/

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