利用KEGG WebLinks标注KEGG通路图

这个KEGG WebLinks简单的说,就是利用url命名规则,直接通过网页访问KEGG数据库

  1. 首先有一个概念需要理清楚

    map00010
    ko00010
    hsa00010

    上述3个通路命名表示的是同一个通路(Glycolysis / Gluconeogenesis),但是从图上也可以看出三者有点细微的区别:

    • map00010:以灰色背景显示通路里的所有的点
    • ko00010:以蓝色显示通路里的所有KO号
    • hsa00010:以绿色显示通路里的所有与人有关的点,并显示(鼠标移到某个点)对应的gene entries
  2. Links to Analysis Tools

    这个工具分PATHWAY MAPPING (GET)和PATHWAY MAPPING (POST),概念上有区别,但对我来说,其实就是两种命名方式

    GET:

    http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?<mapid>/<dataset>[/default%3d<dcolor>]
    
    <mapid> = KEGG pathway map identifier
    <dataset> = <dbentry>1%09<bgcolor>1,<fgcolor>1[/<dbentry>2%09<bgcolor>2,<fgcolor>2...]
    
    <bgcolor> = background color
    <fgcolor> = foreground color             "%09" represents TAB in ASCII code
    <dcolor> = default background color      "%3d" represents "=" in ASCII code

    官网例子:http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?map00400/1.14.16.1%09,blue/C00079%09,red/C00166/default%3dpink

    解析一下:

    • 首先 http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?

    • 选择通路 map00400

    • 选择要标注颜色的点 1.14.16.1

    • TAB分隔符 %09

    • 背景颜色 red #上述例子暂时为空

    • 前景颜色 blue #跟背景颜色以’,’分割

    • 全局默认值 default%3dpink

    • 默认为粉色,即url里设定的点的背景颜色都为粉色

      POST:

      http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?map=&multi_query=[&nocolor=1]

      = KEGG pathway map identifier
      = 1+1,1[%0d%0a2+2,2…]

      = background color “%0d” represents CR in ASCII code
      = foreground color “%0a” represents LF in ASCII code

      官网例子:http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?map=hsa00010&multi_query=7167+red,blue%0d%0aC00118+pink

      解析一下:

    • 首先 http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?

    • 选择通路 map=hsa00010

    • 开始设置点颜色 &multi_query=

    • 选择要标注颜色的点 7167+

    • 背景颜色 red

    • 前景颜色 blue

    • 分隔符 %0d%0a

      注:POST模式中选择标注的点的时候,只能选通路上的对应的K号,不能选择图上显示的名称(我也搞不清楚为什么。。)

  3. 尝试个例子:

    http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?map00100/5.4.99.8%09red/ERG2%09green

    http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?map=map00100&multi_query=5.4.99.8+red,blue%0d%0aK09829+yellow

详情可以查看官网说明: http://www.kegg.jp/kegg/docs/weblink.html

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