使用shiny程序设计一个R包的交互界面

Shiny是RStudio公司开发的一个R包，通过它可以用R语言开发交互式web应用。 Shiny包的特点在于不需要太了解网页语言（比如我就只看了一些html和CSS基础语法，反正看过也没记住多少），可以用纯R来搭建，生成的网页应用是动态交互的，而且是即时更新的。

前段时间在http://shiny.rstudio.com/articles/看了点关于shiny的基础语法，并且在http://www.biotrainee.com/thread-1563-1-1.html论坛上看到一篇使用shiny将一个热图R包做成一个交互式界面的文章，于是乎自己也写一个练练手。

Shiny程序主要分ui和server两部分：

1. Ui界面一般指的是交互界面，上面可以展示图片、输入参数以及一系列的按钮等美化工具
2. server一般指后台操作，通过函数将UI界面的输入通过一系列的过程转化为输出，最终呈现的UI界面上

下面我整理一下写一个shiny程序的流程，以我写好的shiny程序为例。这个shiny app主要是将ComplexHeatmap这个做热图的R包的部分功能呈现出来，主要展示其做热图的一些参数。

Shiny程序我是放在https://www.shinyapps.io/，其是由RStudio开发的一个cloud，不需要自己有服务器就可以将shiny程序挂在上面。

然后我的程序的网址是https://anlan.shinyapps.io/complexheatmap/

流程：

UI

1. 我使用了shinydashboard包的默认主题布局
2. 使用sidebarMenu()函数形成2个ui界面，分别是Quickly visualize和Complex visualize，见https://rstudio.github.io/shinydashboard/structure.html
3. 然后根据教程http://shiny.rstudio.com/articles/layout-guide.html将一些参数布置在ui界面上

Server

1. 读取数据，赋予特定函数
2. 读取来自ui的input，分别作为Heatmap()的参数来绘制热图，可以参考https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/shinyheatmap/blob/master/shinyheatmap/server.r
3. 输出热图到UI界面上，可参考同上
4. 输出图片保存为各个格式的图片，可参考http://www.biotrainee.com/thread-1630-1-1.html

整体上是一件比较简单的事情，就是写起代码来有时会比较繁琐，我的代码放在https://github.com/kaigu1990/Shiny/tree/master/ComplexHeatmap

只要参考下别人的shiny代码，模仿下，一般就能形成一个简单的shiny的程序

热图可参考https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/shinyheatmap/tree/master/shinyheatmap

DE（差异）分析可参考https://github.com/yan-cri/DEApp

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