Rstudio-server的安装与使用

为什么要安装Rstudio-server:

  1. 老式笔记本在R处理一些较大数据时越来越力不从心了,有时因为运行一些R脚本,会导致笔记本的卡死
  2. 最近在学习甲基化芯片分析,在ubuntu的R中使用ChAMP包分析数据时遇无法打开GUI的问题,这时就需要有一个可视化界面
  3. 在处理一些复杂数据时,服务器上的R能有效加快运算速度;但我已经习惯了在IDE环境(windows Rstudio)上的书写代码,无法忍受服务器上那简单的R操作界面
  4. 之前用shiny时也装过Rstuio-server,在Amazon Web Services (AWS)安装的,这次也想在自己服务器上装一个试试,方便以后装shiny
  5. 待写

在安装Rstudio-server前需要先在服务器上安装R,我的服务器版本为ubuntu 14.04,R版本为3.43;如果ubuntu中R版本过旧,可以参考之前的一篇博客:在Ubuntu升级R版本

然后按照官网https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/要求安装Rstudio-server(选择自己系统的Prerequisites)

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.1.383-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.1.383-amd64.deb

如果是自己服务器上的ubuntu系统的话,其实通过上述步骤就算安装好了,查看下Rstudio-server是否在运行(理论上安装完后就启动的)

ps -aux|grep rstudio-server
#rstudio+  1777  0.1  0.0 195676  8476 ?        Ssl  20:47   0:00 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver

然后查看下服务器的ip地址

ifconfig

最后通过笔记本浏览器登录服务器上的Rstudio-server,输入你对应的IP地址和端口,然后输入服务器的主机的用户名和密码即可登录

http://IP:8787/

登录后的界面几乎和windows下的Rstudio一样了,操作非常便利;getwd()下可以发现其当前目录是用户的家目录下的,如:

> getwd()
[1] "/home/anlan"

Rstudio-server

当然我们也可以像正常windows的Rstuido下设置一些常用的配置,比如修改Tools->Global Options下的一些配置,如:修改默认的当前目录、代码的字体形式以及CRAN的镜像等

接下来就尝试下Rstudio-server的速度,以及一些在服务器R无法用的GUI,就以ChAMP包的测试数据为例

library("ChAMP")
testDir=system.file("extdata",package="ChAMPdata")
myLoad <- champ.load(testDir,arraytype="450K")
CpG.GUI(CpG = rownames(myLoad$beta))

相比之前windows的运算的速度快不了少,在查看一些大矩阵时也不卡了,GUI界面也正常了。如果以后测试几十样本的甲基化数据时,也不怕渣渣笔记本卡死了

最后就是一些RStudio-server配置命令(如果有需求的话)

sudo rstudio-server verify-installation #查看安装是否正常
sudo rstudio-server start               #启动RStudio-server
sudo rstudio-server status              #查看RStudio-server
sudo rstudio-server stop                #关闭RStudio-server
sudo rstudio-server restart             #重启RStudio-server

##添加用户组
sudo groupadd rstudio-group
##添加用户
sudo useadd anlan -g rstudio-group
##设置用户密码
sudo passwd xxxxxx
##创建用户目录
sudo mkdir /home/anlan
##赋予目录权限
sudo chown -R anlan:rstudio-group /home/anlan

其他比如选择使用服务器中指定的R、修改端口、镜像路径等操作,可以查看官网文档:Configuring the ServerManaging the Server

如果想多人协作操作Rstuido-server,具体操作可参考多人在线协作R开发RStudio Server

另外Rstudio-server默认是没有安装中文字体的,所以刚开始使用时会发现中文不识别,参考这篇博文Ubuntu Server安装R和Rstudio

sudo apt-get install language-pack-zh-hans
sudo apt-get install xfonts-wqy
#重启

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