R包安装源的选择

  1. 一般来说我们都是通过install.packages()安装base R包

    通过source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite()来安装bioconductor

  2. 如果不做任何设置,R一般都是选择默认源,比如Rstudio是用https://cran.rstudio.com

    biocondutor默认源则是http://bioconductor.org

  3. 从上述可以看到这些源都是在国外,因此我们如果使用默认源的话,下载R包的速度回非常慢(曾经我在刚刚安装的R上安装DESeq2花了10h。。结果还安装失败了。。),因此我们必须使用对应的国内源加快我们的下载R包的速度

    3.1 base R包

    可以在install.packages()函数里面指定镜像(即源),比如使用北大镜像

    install.packages("ABC",repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/ ")
    

    还可以在Rstudio -> Tools -> Global Options -> Packages选项中选择特定镜像(反正选个国内的就行,都比默认的镜像快多了)

    3.2 bioconductor包

    bioconductor包通常会依赖有一些数据库包,如果还是默认源的话,下载速度可以说比龟速还慢,因此必须要用国内源,也就是中科大的镜像

    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
    biocLite("DESeq2")
    
  4. 参考于:http://www.biotrainee.com/thread-144-1-1.html