conda一个包管理器

Conda是一个开源包管理系统和环境管理系统,可用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,在能在它们之间切换。

因此我们可以通过conda来解决python软件包依赖的问题,还有python版本问题,省事!

装conda之间,我们首先要理清一个概念:
1. Conda包含在Anaconda和Miniconda
2. Miniconda是一个小的引导版本,只包含conda,Python和它的依赖包
3. Anaconda包括conda,conda-build,Python和超过150个自动安装的科学包及其依赖项

因此对我来说,Miniconda就足够使用了,只是想快速使用conda来安装包而已

Miniconda的下载及安装

下载地址:https://conda.io/miniconda.html

我选择的python 2.7 linux 64位

用下述命令进行安装即可:

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

安装过程中会提示你一些信息,输入yes即可(说明默认)

最后source ~/.bashrc

conda list命令测试是否正确安装,如果正确安装,则会显示已安装软件包列表

conda常用命令及环境管理
  1. 查看当前系统下的环境,在创建新环境之前,一般只有root环境,即刚开始的默认环境

    conda info -e
    
  2. 创建新环境,比如创建一个名为biosoft环境,指定python版本2.7(必须至少指定python版本或者一个要安装的包),然后你就可以在~/miniconda2/envs目录下看到你设置的环境文件夹

    conda create -n biosoft python=2.7
    
  3. 环境切换

    source activate biosoft
    
  4. 退出环境

    source deactivate biosoft
    
  5. 移出环境(如果这个环境你不需要了的话)

    conda remove -n biosoft --all
    
包安装及管理
  1. 常规的安装软件方式,-n 指定环境(不写则是默认环境,我一般也就在默认环境下用着)

    conda install -n biosoft numpy
    
  2. 查看已安装的包(不-n指定环境,则是默认环境)

    conda list -n biosoft
    
  3. 查找并更新包

    conda search numpy
    conda update numpy
    
  4. 卸载包

    conda remove numpy 
    
配置下conda
  • 如果是要安装生信相关的软件,比如我最近遇到的multiqc(用来批量可视化测序QC结果),那么用上述方法是安装不了的,需要再添加几个channel,比如bioconda。安装https://bioconda.github.io/操作即可,如:

    conda config --add channels defaults
    conda config --add channels conda-forge
    conda config --add channels bioconda
    

    这里的channel优先级是bioconda最高

    其实也可以直接的命令行中指定channel为bioconda

    conda install -c bioconda multiqc
    
  • 如果你觉得一些包下载过慢,可以添加清华大学的TUNA镜像

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --set show_channel_urls yes
    

    然后less ~/.condarc查看下是否加入到channels中

参考文章:

http://www.jianshu.com/p/17288627b994
https://zhuanlan.zhihu.com/p/22678445
http://www.biotrainee.com/thread-838-1-1.html